معاونیت تحقیقات سلام در تشکیل خود دارای چهار بخش اساسی به تفصیل ذیل می باشد:

الف :کمیتۀ مرکزی تحقیقات

 معاونیت تحقیقات سلام، به خاطر سهولت ارتباطات با اساتید محترم و پوهنځی های مربوطۀ سلام از یک طرف و بخاطر هم آهنگی امور آمریت های سه گانۀ این اداره از طرف دیگر، ادارۀ باصلاحیتی را به نام کمیتۀ مرکزی تحقیقات، ایجاد نموده است. اعضای این ارگان را مسئولین کمیته های تحقیق پوهنځی ها، به اضافۀ محققین ارشد و باسابقۀ پوهنتون سلام تشکیل می دهد.

 ب: آمریت تحقیق یا (مرکز تحقیقات سلام)

آمریت تحقیقات که به نام مرکز تحقیقات سلام نیز یاد می شود، یکی از بخش‌های کلیدی و تخصصی زیر چتر معاونیت تحقیقات بوده، مسئولیت هدایت، سازماندهی و تسهیل فعالیت‌های تحقیقی در پوهنتون سلام را به عهده دارد. این مرکز، دو مسئولیت عمده به عهده دارد:

یکی- مدیریت انجام تحقیقات در داخل پوهنتون سلام

دوم- پیشبرد عملیۀ ظرفیت سازی تحقیقی در داخل پوهنتون

وظیفۀ مرکز تحقیقات سلام، تعقیب مقالات از مرحلۀ تعین عنوان و نوشته شدن مسودۀ اولی، تا مرحلۀ عبور از تحکیم و آماده شدن برای نشر، وهمکاری مستقیم با محققان، می باشد.

 ج: آمریت ژورنال ها

آمریت ژورنال‌ها مسئولیت اصلی مدیریت، دیزاین، چاپ و توزیع نشریه‌های علمی پوهنتون سلام را بر عهده دارد. هدف این آمریت، ارتقای سطح کمی و کیفی نشرات علمی و و مطابقت سازی تولیدات پژوهشی پوهنتون به معیارهای معتبر ملی و بین‌المللی است. همچنان، آمریت ژورنال ها، همه ساله بهترین مقالات تحقیقی استادان پوهنتون سلام را در هم آهنگی با پوهنځی های مربوطه انتخاب و جهت نشر به ژورنال های بین المللی می فرستد. این فعالیت نه تنها در بلند رفتن حیثیت علمی پوهنتون سلام در سطح جهانی مؤثر است، بلکه باعث نیکنامی افغانستان در میان مجامع علمی بین المللی از لحاظ علمی و تحقیقی نیز می گردد.

د: آمریت کتابخانه

یکی از ادارات مهمی که در خدمت همه وقت محصلان عزیز قرار دارد کتابخانه پوهنتون می باشد، پوهنتون سلام بخاطر رفع نیازمندیهای محصلان از ابتداء کارش کتابخانۀ را ایجاد نموده است، این کتاب خانه بیشتر از سیزده هزار کتاب مختلف النوع برای رفع نیاز مندی های محصلان پوهنځی های مختلف وجود دارد، بخاطر کمبود جای برای کتابخانۀ فزیکی اهتمام زیاد به خرچ داده شده تا برای محصلان کتابها ومنابع علمی بشکل سافت (در فارمات PDF) مهیا گردد، به همین منظور یک کتابخانۀ دیجیتلی که تقریبا (1500) جی بی حجم دارد و به بیشتر از (50000) کتاب خورد و بزرگ (کتابها دارای یک مجلد و کتابهای که دارای چندین مجلد است) برای استفاده محصلان در هر دو کتابخانه مهیا نموده است.

کتابخانه از 8 صبح تا 8 شام، دوازده ساعت در خدمت محصلان و اساتید قرار دارد.

درضمن محیط مناسب کتابخانه برای مطالعه دو اطاق مجهز برای مطالعه نیز تدارک دیده شده که محصلین میتوانند در آن، کارهای گروپی و مطالعه آزا د خویش را آنجا انجام دهند.